squalyl (./250) :
pourquoi on peut pas écrire dans un fichier .msa?

Parce que c'est un format compressé, ce qui complique pas mal les choses (si les données changent, il faut recompresser, et la taille du fichier peut changer aussi, d'où nécessité potentielle d'allouer des clusters supplémentaires, d'où problème en cas d'espace disque insuffisant, etc.)
Enfin je suppose que c'est pour ça