Bon, le problème ici, c'est qu'il y a eu sur C des fichiers système de l'ancienne installation de windows.

Windows (celui installé sur le D) détectant des fichiers système identiques au siens refuse de formater cette partition

La solution consiste à démarrer avec le CD de windows, à l'étape de choix des disques durs, tu choisis de formater au format NTFS celui qui contenait le windows du C, une fois qu'il te dit que le formatage est effectué, tu sors de l'installation de windows et tu redémarre ta machine.

Là, le windows du D sera capable de s'attribuer cette partition.