C'est en général des addons buggés qui mettent le bordel dans les fichiers sqlite. C'est le revers de la puissance des addons de Firefox, ils peuvent également tout casser.

Pour repartir avec un firefox vraiment propre, il vaux mieux carrément supprimer le répertoire profil (dans "Application Data" sous windows, "~/Library" sous Mac et "~/.mozilla" sous Linux) pas seulement les fichiers sqlite.
Pour le coup on perd tout, mais si on utilise sync, c'est vite récupéré.