Les specs Linux Standards Base essaient d'améliorer la soupe de la compatibilité entre les distros, mais elles sont encore assez basiques - et puis beaucoup de distros ne respectent pas LSB.
Mais il est difficile, voire impossible, de faire une API qui convient à tous les usages. Voir ASIO sous Windows, PulseAudio sur divers, etc.
Même quand il y a une API définie comme standard par le fabricant de l'OS (même si, et c'est un autre débat, il existait déjà, au moment de la définition, d'autres API plus ou moins équivalentes définies depuis des années, plus ou moins bien respectées - cf. Windows et les couches graphiques spécifiques de MacOS X, versus POSIX et X+toolkits), certains font autrement, par exemple pour des raisons de performance, de footprint, etc.