Les problèmes habituels de la duplication du code, combiné au fait que pas tous les programmeurs ne maintiennent leurs programmes:
* place disque;
* consommation mémoire augmentée quand on charge plusieurs versions indépendantes d'une même librairie;
* maintien de vieilles versions avec moins de features, plus de bugs et de failles.

Certes, c'est sous Windows que l'indépendance des programmes entre eux est la plus forte, et aussi que la duplication des librairies dans les répertoires d'installation des différents programmes chie le plus, puisque le cache de DLLs est uniquement par nom, pas par chemin absolu...