Heu... Ce papier ne parle que de logiciels patchés à l'état binaire. Ils ne parlent pas de code source (en première lecture rapide).
Donc je ne vois pas le débat logiciel libre vs logiciel propriétaire, puisqu'ils ont juste besoin du binaire (et ils prennent comme exemple, les patchs fournis par windows update).
Je dirais même plus. Ce papier montre que l'obfuscation ne marche absolument pas !