./2: suppression d'au moins un ou deux commentaires spéciaux dans le template de fichier C

Ces commentaires sont là exprès, ils sont censés être remplis, pas supprimés. Et si vraiment on veut les supprimer, la touche Suppr est là pour ça.

Je suis assez d'accord, cf. ./2. Mais le fait que je ne trouve pas ça très utile n'empêche pas d'en discuter, je pense

A voir si on veut remettre un Project Wizard (pour y mettre quoi ? En fait, je ne sais même plus ce que le Project Wizard de TIGCC IDE avait )

./3: changement de la gestion des dossiers virtuels / physiques dans l'IDE et/ou dans tprbuilder, qui n'est pas forcément intuitive.

Impossible, casse la compatibilité antérieure.

Ne sois pas bête
Même si ce format est incomplet et inflexible, et qu'on t'en parle depuis des années sans que tu y remédies, la base installée de TPR est importante. Cela n'a pas de sens qu'on ne comprenne pas ce format.
Mais proposer et implémenter un autre format plus flexible (en prenant l'inspiration sur des patterns connus dans les vrais IDEs), on peut

ou alors, suffit de préciser TPR v2 ou TPR v1 dans le fichier .tpr...

Malheureusement, les membres de la TIGCC Team n'ont pas fait dès l'origine ce qui est pourtant un truc basique de génie logiciel (le versionnement des formats de fichiers...), que font nombre de vrais IDEs (entre autres)...
Même s'il se trouvait que TIGCC IDE ET KTIGCC ne se comportent pas mal en présence d'infos non prévues (je n'ai pas regardé), on est à peu près obligés de faire un nouveau format, puisqu'on ne peut pas faire confiance à certain pour ne pas être embêtés dans le futur par des changements intentionnels de comportement.