Arf, merci, c'est ce que je voulais. J'avais complètement oublié cette fonction, et pour cause, je ne l'avais jamais utilisée auparavant justement à cause des risques que ça pose

Concrètement, pour l'application actuelle, je me fiche totalement qu'on puisse mettre "; DELETE FROM users; --" dedans. C'est une application destinée à n'être utilisée que par des développeurs qui auraient - de toutes façons - accès aux bases de données et aux scripts, donc qui pourraient faire tout et n'importe quoi de toutes façons. Là, l'objectif est de permettre d'avoir un outil centralisé pour tout un tas de procédures liées à des synchronisations de données, pour lesquelles on peut avoir à effectuer de petits traitements (mais je ne peux pas être exhaustif sur les traitements qui peuvent être faits).
Au début, je pensais ne proposer que des traitements via des expressions régulières + une série d'opérations "types", mais ça ne suffit pas (loin de là). J'ai pas trouvé mieux.
A titre de comparaison, MIIS (qui est le super outil de Microsoft qui fait +/- [enfin, plutôt plus que moins ] ce que je suis en train de faire) ne fait pas beaucoup mieux, puisque les gestionnaires doivent développer des dll pour chaque traitement. La seule chose (et non des moindres) c'est que ces dll ne peuvent pas attenter à l'application. Par contre, le contenu des scripts peut tout à fait atteindre les bases de données ^^.