Linux doit pouvoir lire les deux versions du FAT, a mon avis. En effet il y a des versions de linux pour atari, qui doivent bien s'arranger pour être compatibles avec le TOS en cas de multiboot
Je sais qu'on peut formater une disquette atari avec une option spéciale de mkdosfs sous linux, je ne vois pas ce qui empêcherait de l'utiliser par la suite avec mtools. Pour les disques durs c'est peut être moins évident, mais on doit pouvoir y arriver. Matériellement, en tout cas, il n'y a pas de problème, et si le logiciel n'existe pas encore, on peut l'écrire (et même pour windows)