Les gélules craignent l'humidité, pas les comprimés (enfin beaucoup beaucoup moins) d'où meilleure conservation.
Certains comprimés sont sécables, d'où meilleure souplesse de posologie.
Certaines formes à libération prolongée et/ou contrôlée ne sont possibles qu'avec des comprimés.
Certains types de gélules contiennent de la gélatine de porc, c'est ḥarām, on va pas se priver d'une fraction de clientèle

Et il y a un (tout petit) risque biologique avec la gélatine.
flanker: de nos jours on sait enrober les gélules avec un film gastro-résistant (une pellicule qui résiste à un pH acide, et qui se dissout à pH alcalin). Il est donc possible pour des gélules de ne s'ouvrir qu'au niveau du duodénum.