Hum oui, la division en régions augmente le poids des erreurs d'arrondis, et la règle de la plus forte moyenne assure que les erreurs d'arrondis se font toujours en faveur des plus grosses listes, donc ça a bien cet effet ; mais de façon assez aléatoire.
Mais il y a d'autres manières moins tordues de diminuer le poids des petites listes (par exemple on pourrait avoir un scrutin national avec un seuil d'élimination supérieur à 5

Mais apparemment les traités exigent que 1/le mode d'attribution des sièges soit proportionnel et 2/aucun seuil ne soit supérieur à 5%. Par contre il n'interdit pas de diviser le scrutin en régions (ce qui peut avoir un sens politique en UK par exemple), donc comme en France on n'aime pas la proportionnelle intégrale sans prime de majorité, on s'est jeté sur cette possibilité (bien qu'elle n'ait pour le coup aucun sens politique), je pense que c'est l'explication en effet.