Ce qui compte, c'est la sécurité des données. Ce qu'il ne faut pas oublier, c'est qu'à partir du moment où tu as un accès physique, la quasi-totalité des protections deviennent caduques. Par exemple, t'auras beau crypter ta partition système, ça n'empêchera pas un attaquant de booter sur un CD/clé USB avec l'OS de son choix, et faire ce qu'il veut. Tu peux mettre tous les mots de passe que tu veux, quelqu'un peut très bien installer un keylogger hardware (indétectable). Etc.
(et le cryptage a pour but de conserver la confidentialité des données, ce qui n'a pas trop de sens pour des fichiers système qu'on peut trouver ailleurs (à moins que ce soit un OS custom top-secret, tout en assembleur, fait par toi-même
))C'est sûrement beaucoup moins compliqué de n'avoir que les données en crypté.