Je dirais que ça vient plutôt de Xorg (plus précisément du pilote de la CG), j'avais eu un problème similaire quand j'essayais d'utiliser deux écrans. J'ai l'impression que certains drivers ignorent purement et simplement tout un tas d'options de xorg.conf et c'était pratiquement impossible de ne pas démarrer en mode clone (la seule solution que j'avais trouvée était d'utiliser l'option "ignore" pour un des deux écrans, celle-là marchait et il n'en tenait plus compte... donc j'avais pas deux écrans mais au moins ça se lançait sur l'écran externe en résolution native et pas en la résolution pourrie que les deux écrans pouvaient tous deux afficher). Par contre une fois X lancé je pouvais régler ce que je voulais avec xrandr, mais j'avais trouvé aucun moyen de sauvegarder une configuration puisqu'au démarrage le pilote intel ne lisait que ce qu'il voulait bien, c'est-à-dire peu de choses...

Bon tout ça date d'il y a presque trois ans maintenant... on pourrait supposer que ça a été amélioré, mais j'en sais rien.