Il y a beaucoup de choses à modifier dans la source d'une FlashApp pour en faire un programme ASM ordinaire ?

Dans le cas de GTC, pas sûr
Il me semble en effet que GTC n'utilise qu'un assez petit sous-ensemble de ce que supporte le système de FlashApps d'AMS.

Est-ce que PedROM exécute par défaut les programmes en ROM ?

A moins qu'ils soient fait exprès pour et déclarés comme tels (ce qui serait le cas des FlashApps), non.