si je me souviens bien, daemondo permet de faire le pont entre les démons et launchd, ce qui expliquerait la précense de ton daemondo.

D'ailleurs le fichier port de lighttpd me donne raison :
http://trac.macports.org/browser/trunk/dports/www/lighttpd/Portfile
en effet, il utilise startupitem, qui correspond justement à daemondo.

Donc je dirais que là, ton lighttpd peut être démarré/arrêté comme tout process launchd, avec launchctl stop/start. M'enfin c'est que conjecture, j'avoue ne pas encore avoir trop joué avec les démons sous launchd.