Les différences sont quand même très explicables : Apple a toujours fait à sa sauce, un truc à part de tout, et donc homogène.
Les trois types de Copier/Coller sous Linux sont tous explicables historiquement, et standardiser ça en un seul raccourci reviendrait à faire grincer des dents pas mal et monde, et à casser beaucoup de choses.
A l'usage, que ce soit dans emacs, en console ou dans un éditeur de texte classique, je n'ai pas de souci.
Après, quand on utilise moins, je peux comprendre que ce soit déroutant.

Ceci dit, pour l'utilisateur lambda, je pense que c'est complètement transparent, parce qu'il n'utilisera ni la console, ni Vim.