De mon coté, je vote (même si je n'y ai pas joué des heures) pour H2O sur Falcon (programmé par EKO). Sa sortie officielle est de 2005 même s'il est resté longtemps dans les cartons ...
Après, faudrait peut-être faire une liste de ces jeux sortis après 2000 car j'en oublie sûrement.

quelques titres sur Falcon :
Les titres de Foundation two http://www.foundationtwo.de/f2/f2_rel.htm: Ausbruch (2004), Dusau (2003)
2 jeux jamais fini de Nature http://www.dtek.chalmers.se/~d98gilda/projects.html Reeking Rubber, Aces High
Blum
Chainz et Jewelz de Paradize (2008)
Doom (en particulier le portage de P.Mandin qui est quasi-complet)
Quelques jeux de Line OUT http://www.dtek.chalmers.se/~d98gilda/projects.html Men at war, tron2
Si il est sorti en 2000 , je voterai pour Painium Disaster http://www.anvil-soft.com/english/edownloads.htm mais je pense qu'il est sorti légèrement avant
Les jeux de Omikronman : http://www.creative-artwork.de/ QBlue (dernière version de 2001)
Clogged Up Static Tautology II ? de Reservoir Dogs http://rg.atari.org/game.htm y' a certainement d'autres jeux sortis après 2000 ...