C'est vraiment pas facile comme question! Ca concerne toutes les machines Atari?
Sur jaguar je pense à Skyhammer sorti en 2001 si je me souviens bien, peut être aussi battlesphere mais je ne le connais pas, jamais essayé.
Sur lynx alpine games que je vais d'ailleurs bientot commander semble être le plus marquant.
Et sur ST Wolfenstein 3Dque j'aime bien, même si je n'arrive pas à y jouer bien longtemps sans qu'il ne plante., et chuchu rocket mais il est peut être sorti juste avant 2000. Mais est ce que les portages comptent?
Il y a aussi le jeu XJ220 sur ST avec une version du jeu pas terminé à 100% qui est apparu récemment, mais sa programmation doit remonter à l'époque du ST.