Ça veut dire quoi plus précisément "incluses automatiquement" ? Parceque la solution, si je comprends bien le problème, serait de désactiver ces inclusions automatiques pour la page qui génère un PDF.

D'ailleurs puisqu'on en est à sortir un peu du cadre de HTML2PDF, je trouve qu'une page destinée à être incluse et qui affiche un résultat spontanément (sans avoir à appeler une fonction ni rien) est une erreur de conception.