Il me semble que la règle est de prononcer "ou", sauf que comme cette lettre n'existe que dans des mots d'origine étrangère ils sont particulièrement sujets à la déformation d'une part (par exemple dans « wrap » qui est devenu à la mode dans les sandwicheries c'est vachement dur de prononcer le w autrement que "v"), et d'autre part il se peut que la prononciation d'origine soit "v" comme en allemand, du coup elle peut avoir tendance à rester. Mais je ne sais pas pourquoi on s'est mis à dire vagon au lieu de ouagon alors que ouagon n'est pas spécialement imprononçable (peut-être sous l'influence de l'allemand : wagen ?)

Tiens je lis qu'au XIXe siècle des gens ont tenté de promouvoir l'orthographe "vagon" pour refléter la prononciation qui avait changé ^^