Sous GNU/Linux, normalement, supprimer un paquetage ne supprime pas la configuration, c'est voulu (supprimer la configuration est vu comme une perte des données), c'est pourquoi ça ne sert à rien de réinstaller un logiciel pour remettre à zéro sa configuration.

Dans le cas d'Arvi89, le problème m'a l'air d'être que la désinstallation a supprimé un fichier de configuration, mais que dpkg n'en est pas au courant. Il y a peut-être un rm dans un scriptlet ou une horreur du genre. Ça a l'air d'être un bogue dans le paquetage.