s'il y a une copie de données à faire, que ce soit le système ou l'application qui s'en occupe ce sera aussi long

En théorie, oui. En pratique, il peut y avoir des différences significatives d'un OS à un autre, suivant la qualité de la gestion de la mémoire virtuelle et des I/O stockage de masse et réseau
Je me souviens, par exemple, que les I/O stockage de masse étaient, il y a quelques années, le domaine où un benchmark Windows tout à fait classique, tournant sous Wine sous Linux, était le plus rapide par rapport au même benchmark tournant sous Windows natif. Il y avait un facteur supérieur à 2 en faveur de Wine sur cet aspect (et un facteur > 4 dans l'autre sens sur certaines features DirectX 9). C'est une des manifestations du fait que les I/O stockage de masse sont traditionnellement mieux gérées sous Linux que sous Windows.
En HPC, seules des entités bizarres utilisent autre chose que Linux - et ce n'est pas seulement pour le coût des licences.