Mon ancien touchpad avait un problème de lag similaire, mais c'était avec lui même.
En gros, une trop grosse quantité d'informations (ou une commande non reconnue), et il devenait inactif quelques secondes... Le driver se faisait réinitialiser.
Je crois pas avoir trouvé de solution à ça au final, et je n'ai pas eu de problèmes avec le trackpad du macbook, donc peux pas t'aider...
(En fait, regarde ton dmesg pour avoir quelques infos sur les erreurs qui se produisent... (Y'en aura peut être pas mais qui ne tente rien n'a rien) Ensuite, tu as peut-être un trackpad usb relié sur un clavier usb (comme dans les macs) ce qui pourrait empêcher la bonne communication [uniquement sous linux] ?)