J'arrive après la guerre, et c'est peut être la faute à mon post pas assez détaillé.
L'application peut être supprimée via un rm -rf (et heureusement), et comme le dit GC il est tout à fait possible pour le système "d'observer" les fichiers. C'est en général dangereux (les modifications pouvant être faites offline…) mais c'est possible. Il peut très bien faire un scan des packages au démarrage aussi, après tout ce n'est qu'une liste de programmes et il a bien le droit de savoir de quoi il dispose. C'est plus lent mais ça évite les références cassées et autres trucs fâcheux.
Je ne promeus pas ce système comme étant une solution à tout, mais ça a des mérites en tous cas, et de constat pratique c'est assez valable. Sous Windows pareil, il faut juste accepter que le système s'alourdisse avec le temps, mais sinon ça marche vraiment bien. On peut encore exécuter des logiciels qui ont 10 ou 15 ans, voire plus, si c'est pas une preuve de robustesse.

Ensuite pour le problème des mises à jour j'ai vu Folco en parler mais je crois que ce n'est pas le seul, je pense que le but chez Canonical s'ils font ça, ce n'est pas de juste de tout passer en dépendance statique (ou alors ils vont droit dans le mur). Un système qui veut se permettre d'utiliser un système d'apps autonomes doit proposer au bas-mot 99% de ce dont la plupart des apps auront besoin. Les applications se reposent alors au maximum sur les fonctions du système, et n'incluent des libs que pour certaines choses, et d'expérience en pratique justement ces choses supportent assez mal les mises à jour transparentes des libs, donc on est très souvent mieux en ne les upgradant pas (possible trou de sécurité si une faille a été découverte depuis, mais ça marche) qu'avec une app qui dysfonctionne.

Sous Linux je vois un peu moins d'utilité parce que dans le monde des bisounours tout est open-source, donc tu n'as qu'à faire ces mises à jour transparentes de libs et si une app pète tu n'as qu'à la fixer et la recompiler. De même il faut trouver une API de bureau (ça doit représenter un bon 50% de ce qu'une app fait) sinon ce n'est pas viable. Ce qui fait que j'apprécie l'introduction par Canonical de ce nouveau système c'est qu'ils ont réfléchi à une solution pour ces problèmes, et je suis intéressé de voir laquelle ce sera. Avoir une API graphique commune déjà devrait énormément aider à faire des softs bien fichus, et pas comme maintenant avoir un peu de GNOME et un peu de KDE parce que les meilleurs softs se partagent ces environnements, et ne pas pouvoir tout utiliser. Je me rappelle à l'époque il y avait un widget plasma pour avoir une barre de menus unique (à la OS X, avant que je ne découvre ce système). Elle fonctionnait bien avec les apps KDE, mais assez mal avec la plupart des apps GTK, et pas du tout avec les apps java. Résultat ce n'était pas vraiment utilisable pour moi. Dommage.