Apper résout les dépendances, te donne (en mode paquetages, le mode normal – je ne connais pas le mode "applications" parce qu'il n'y a pas les métadonnées pour ça dans Fedora) la liste de ce qu'il va installer comme dépendances (il y a une case "ne plus demander" si tu n'en as vraiment rien à battre) et puis installe les paquetages avec RPM, il n'y a rien de caché, et surtout il t'indique clairement qu'il s'agit d'une installation, pas d'une simple copie de fichiers.