graphique → graphicx (+ logiciel de dessin (GIMP, Inkscape, …), de diagrammage (Dia, Umbrello, …) ou de visualisation (gnuplot, R, …) externe) ou TikZ
liens → hyperref (trivial!)
animations →http://pages.uoregon.edu/noeckel/PDFmovie.html – movie15 marche avec Okular. Ou pour des animations plus simples, tu peux aussi faire un frame PDF pour chaque frame de l'animation tout simplement.
Tu vois, il y a des paquetages pour tout sous LaTeX.