Séparer /home et / est une bonne chose pour plusieurs raisons, et c'est valable aussi bien pour Windows que pour Linux (et probablement OS X, mais je n'en ai jamais installé).
La raison la plus immédiate est la nécessité d'upgrades ou réinstallations. Dans le cas de Windows, je connais des installateurs qui, pour des PCs familiaux, séparent le système et les documents - c'est plus pratique quand il faut reformater l'OS une fois par an parce que les utilisateurs familiaux tournent toutes leurs applis en root, ne font pas les mises à jour de sécurité, installent des softs qui s'avèrent avoir des adwares/spywares/virus, etc. etc. Résultat, des virus tenaces (j'ai vu des rootkits => réinstallation obligatoire de la machine car on ne peut plus lui faire confiance, c'est valable quel que soit l'OS) non détectés par la plupart des anti-virus (ils sont à peu près tous aussi mauvais les uns que les autres).
Citons aussi le fait que si ce sont des partitions séparées (à des endroits différents du disque), la récupération des données en cas de certaines pannes du disque est meilleure moins mauvaise.

Séparer /boot et / sert surtout à ceux qui installent plusieurs distros et changent tout le temps.

Quant au swap, avoir une partition séparée a des avantages et des inconvénients. La nécessité d'avoir du swap dépend de la quantité de RAM de la machine, quel que soit l'OS. Au-delà de 256 MB de RAM, la ""règle"" qu'on trouve malheureusement encore assez souvent, "2 fois plus de swap que de RAM", est ridicule. Au-delà de 2 GB de RAM, sauf utilisations particulières (certains calculs de grille gourmands en RAM, etc.), c'est assez rare d'avoir besoin de swap.