Par défaut, tu utilises la version de MSVCRT qui correspond à la version du compilateur que tu as installée / que tu utilises. Tu peux éventuellement te démerder pour utiliser une autre version (plus récente / plus ancienne) mais ça implique d'inclure cette version avec ton projet et d'en modifier la configuration (pour ignorer le lib par défaut et utiliser celle que tu spécifies). En faisant ça, tu t'exposes potentiellement à des bugs étranges, même si je doute que ça arrive trop souvent dans la pratique.
Sinon, pour pallier aux problèmes de conflit de version, tu peux soit éviter les dépendances à MSVCRT quand tu compiles les libs statiques (je sais pas si c'est possible d'avoir des références externes dans une lib statique… à voir), soit utiliser la même version partout. (Et donc recompiler ton SDL avec la même version de VC++)
Rien d'extraordinaire, quoi.