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C'est la faute des vilains capitalistes.

Des yeux très grands comparés au reste du corps est à mettre sur le compte du "papa du manga", Osamu Tezuka, et sa cultissime série Astroboy. Il dessinait ses personnages avec des yeux très grands, des corps très cartoonesques, et eut une influence considérable sur les générations ultérieures de mangakas qui se sont grandement inspirés de son style.
Cependant, ce style en lui-même venait de l'admiration de Tezuka pour les oeuvres de Carl Barks, le père de Donald Duck et créateur de la génèse des aventures des canards. Et l'on sait bien que celui-ci dessinait de très grands yeux à ses canards, qui prenaient bien les 3/4 de la hauteur de la tête au minimum.
On peut ainsi dire que le style manga le plus répandu descend de la bande à Picsou.