Que Smith parle de sa haine contre ce système, ce monde, fait parti de sa personnalité. Il doit s'agir d'une IA. Cependant, même avec des sentiments personnels, il ne peut échapper à son programme, à ses obligations, comme un très fort instinct de survie. Quand Neo le détruit dans le premier film, il se passe quelque chose dans son code qui permet à Smith de s'affranchir de ces obligations : en rompant contact avec la Matrice (comme un Objet qui échapperait au ramasse-miette du programme principal), il perd certains accès comme de pouvoir voir et se transporter dans n'importe quel corps, mais en échange de quoi trouve un moyen de dupliquer son code tant qu'il s'agit d'un corps humain... on peut dire qu'il "caste" ceux qu'il rencontre.

Le problème est double. Les humains ne peuvent certainement pas faire confiance à Smith, il reste un agent, un programme de la Matrice, et un hostile à la base. Il n'y a qu'à voir déjà comme les humains sont secoués en apprenant que l'Oracle fait parti de la Matrice, elle qui semblait toujours les avoir aidé, alors un agent...
Les programmes ne peuvent pas faire confiance à Smith. Il a été détruit par Neo, ordonné de retourner à la source, mais il a désobéi. Un programme ne doit pas désobéir par essence, Smith peut être vu comme une anomalie, voire un traître, en tout cas disparaître.
Ni l'un ni l'autre camp n'ont de raison de permettre à Smith d'entrer dans Zion.