Dans mon cas, c'est pour du Python, mais en fait la question est plus générale.

Comment déterminer où placer les fichiers de configuration ? Et là, c'est plus proche du Python, quel format utiliser ?

On peut distinguer deux cas :
- préférences utilisateur
OS X : ~/Library/Preferences/mon.programme.plist
Linux : ~/.config/mon.programme.xxx
Windows : ~/AppData/?

- préférences globales
OS X : /Library/Preferences/mon.programme.plist
Linux : ... bonne question ça sera dans /etc/mon.programme/preferences.xxx s'il est installé dans /usr/bin ou dans /bin,
mais s'il est installé dans /opt/bin, j'imagine que c'est mieux de mettre dans /opt/etc...
Et je ne sais pas comment déterminer l'emplacement facilement.
Windows : aucune idée

Sauriez-vous m'aider à remplir les trous ?

Je ne sais pas si on doit faire une distinction entre préférences globales d'un logiciel utilisateur et fichier de configuration pour un démon.