Dans le screen en haut, trois choses :

• Les onglets ne sont pas séparés les uns des autres graphiquement ; l'oeil a besoin de temps pour tout lire et analyser les espaces (qui sont des éléments typographiques avant d'être des éléments de séparation d'éléments
• Les icônes ne sont pas séparées les unes des autres ; idem (d'autant qu'en plus, dans le cas présent, les icônes sont des éléments textuels (formules). Même s'ils sont faciles à distinguer pour un mathématicien, l'icône en elle-même passe au second plan par rapport au texte de légende qui se trouve en-dessous.
• Les icônes ne sont pas colorées de façon distincte, ce qui fait qu'on ne peut pas développer de réflexes efficaces à ce niveau (il y a des personnes qui vont réagir aux formes, d'autres aux couleurs ; là, ça pénalise clairement la seconde catégorie)

Pour le dernier point, ce n'est pas spécifique au flat design, je vous collerai cet aprem les icônes d'un magnifique logiciel de contrôle d'accès, où tout est jaune-marron. Impossible de passer par les icônes tellement tout est semblable...