Honnêtement je ne comprends pas ce qu'on peut reprocher à Eclipse JDT, il a toujours très bien fonctionné ici ? (et je l'utilise beaucoup)
Typiquement on a un autre projet java jee glassfish + webservices avec netbeans et c'est l'enfer, une fois sur deux le déploiement se passe mal, il y a toujours une classe qui déconne pour une raison étrange, il suffit de rouvrir le fichier java et de l'enregistrer pour que ça passe, etc. Ça et d'autres trucs étranges, il paraît que le refactoring fait parfois des horreurs en mixant différentes versions des sources avec des trucs qui doivent traîner en cache, etc (ça je ne l'ai pas vu), l'éditeur de fenêtres (free design) est moins puissant que windowbuilder d'eclipse (équivalent pour le simili freedesign, mais le layout miglayout est largement mieux et windowbuilder ne passe pas par des xml intermédaires, et est (souvent) capable d'ouvrir des interfaces qu'il n'a pas créés, etc)
Je n'ai strictement jamais eu ce genre de problème avec Eclipse.

PS : possible qu'il y ait des trucs louches dans le projet netbeans dont je parle, j'arrive tout juste dessus.