Je pense que l'ancienne implémentation faisait bugger plus de programmes que la nouvelle: c'est un API destiné à attendre un événement et pas du tout un API de timer… Pour mesurer le temps avec ça, tu devrais avoir de côté un événement qui ne se produit jamais, et c'est encore plus overkill que d'utiliser le SetTimer() basique de User32.
Alors que quand tu veux attendre la fin d'une opération sur un autre thread, en considérant qu'au bout de 3sec d'attente il y a une erreur, tu t'en fous que le PC soit tombé en veille pendant 3sec: le truc que tu attendais voir se produire était aussi en veille, donc tu veux pas considérer qu'il s'est écoulé 3s.