Ça dépends des projets*, mais pour utiliser les autotools a minima il faut savoir utiliser autoconf, automake, (et au moins un autre que j'oublie) le language m4, ...

Savoir configurer le truc pour qu'il n'aille pas chercher pour rien pour savoir si ta machine a café est branche et que ton chien a encore de l'eau dans la gamelle.
D'ailleurs tu as oublie d’éteindre les toilettes.
Tout ca pour faire un truc qui prendrais quelques lignes pour cmake ou make..

Edit:
* je vois quand meme encore pas mal de projets qui utilise un configure provenant des autotools.