C'est une solution assez répandue mais si ton site devient un peu complexe ça demande de faire un bundle pour chaque sous-ensemble de scripts nécessaire. Par exemple pour yAronet, si je mets tous les JS dans un seul fichier il devient tout de suite 10 fois plus gros alors que certains bouts de code ne sont réellement utiles que dans une ou deux pages "rares" (genre la page du profil ; bon j'exagère vu qu'il y a pour l'instant peu de JS sur yAronet, mais sur un site un peu plus dynamique ça peut au contraire vite devenir bien pire que ça). Si tu as beaucoup de bundles différents, ça devient de moins en moins intéressants de les faire par rapport à juste garder les scripts séparés avec une durée de cache raisonnable.

C'est d'ailleurs la même chose avec les CSS, il y a beaucoup de sites aujourd'hui qui n'ont qu'une seule feuille de style manifestement générée dynamiquement, qui contient 94809 règles dont 95% sont inutilisées :/