La faction ne change pas grand chose sur le fond. Sauf si tu suis le scenario, les résistants sont dominé par une IA (Ada) et les éclairés militent pour une amélioration du genre humains par une science extraterrestre présente depuis des millénaires sur la planète.

En dehors du scénario le choix se résume: Easy mode => Resistance, hardcore gamer => Enlightened.
Pour la simple raison que la résistance est en supériorité numérique et donc la difficulté est moindre, de plus Google/Niantic est pro-résistance dans ses communications, ce qui influence le jeu et la France à plus d'affinité historique avec la résistance. Manipulation dans les deux cas au final ^_^