J'ai pas d'intérêt particulier pour l'outil, mais plutôt que de se débarrasser de Newtonsoft.Json.dll et de le remplacer par un autre truc moins connu de manière barbare, c'était pas plutôt envisageable d'ajouter une étape "ILMerge" dans le build ?
Avec ce type de package par exemple: https://www.nuget.org/packages/MSBuild.ILMerge.Task/
(Jamais testé celui-ci en particulier, enfin ça existe, et c'est sans doute quand même un peu mieux que de coder en dur les dépendances du projet )