Laisse tomber les outils sur ST comme Diamond Edge, lent et peu adapté aux cartes SD.
Tu déplaces les fichiers d'une partition de ta SD sur le disque dur de ton PC par exemple, et tu les remets à nouveau sur ta SD.
En principe ils ne devraient pas être fragmentés. C'est ce que je fais (sous Linux mais c'est théoriquement pareil sous Windows ou Mac OS) et ça fonctionne bien, ça m'est arrivé de vérifier avec Diamond Edge : aucun fichier fragmenté.
Sur ma SD de 2 Go, j'ai une partition réservée à ces jeux et démos qui nécessitent une partition non fragmentée sous peine de mal fonctionner (ou ne pas fonctionner du tout).