Sur mes principales machines, pour minimiser le downtime, j'avais préféré utiliser rsync -avHEAXSxt (a priori, ce jeu de switches m'a suffi pour avoir un fonctionnement correct de l'OS, ça fait des années et je n'ai jamais vu de problème) car il permet un transfert incrémental - premier(s) transfert(s) longs pendant que la machine source tourne, puis synchro finale à froid - et donc ne pas changer les UUID des partitions.

Plus récemment, sur d'autres machines et pour des quantités moindres de données, j'ai utilisé partclone, qui copie l'UUID, puis changé l'UUID dans le /etc/fstab cible avant de lancer `update-initramfs -u (-k all)`.