Je n'ai pas ce problème quant à moi.
Par exemple récemment j'ai dézippé devpak sur Windows 10, je met les fichiers dans un répertoire DD (par exemple) puis je teste sur Steem histoire d'être sur que cela fonctionne. Puis ensuite je copie simplement les fichier (copier/coller) de DD vers la CF branchée dans un lecteur de CF USB du PC... Jamais eu de fichier corrompu... c'est étrange. Testé avec diverses marques : Kingston, Sandisk... aucun problème. Il doit y avoir une différence c'est certain et pas possible autrement...

Autre chose ne pas oublier de charger BIGDOS avec les drivers gratuits. Sinon peut-être que le problème vient du partitionnement sur la CF. Attention à la taille max des clusters et faire du FAT16.
Si vous utilisez l'outil de partitionnement de PPERA, il ne partitionnera pas au dela de 512Mo en FAT16, il passera en FAT32 qui n'est pas compatible avec les TOS Atari mais avec d'autres TOS alternatifs. Dans ce cas il faut utiliser le PC pour faire des partitions > 512Mo en FAT16.