Je pense avoir une solution pour toi.

Drive Image de ppera permet non seulement de faire une image d'un HD ATARI sous windows ou Linux, mais aussi de lire et écrire directement des fichiers sur le HD.
http://atari.8bitchip.info/drimus.php
Le soft n'est pas des plus ergonomique, mais il fait son boulot. Lit bien toute la page quand même.
J'ai pu résoudre un problème d'installation d'HDDRIVER similaire au tien sur mon STE+ultrasatan, sans disquette, avec cet soft.

Comme disque dur externe, j'utilise un lecteur CF SCSI Aztecmonster monté dans un vieux boitier HD externe. Ça tourne a 1.5 Mo/s sur le falcon, et avec une partition de 1Go formatée avec HD Driver compatible DOS c'est lisible directement sur Mac et PC. http://www.ebay.com/itm/CF-AztecMonster-CF-3-5inc-SCSI-Converter-Card-New-Condition-for-AKAI-E-mu

Sinon, HD Driver ne m'a jamais posé de soucis en 20 ans ;-)
Au passage, voici une excellente lecture, quoique assez touffue, sur les Disques durs et Atari : http://joo.kie.sk/wp-content/uploads/2013/05/Atari_HD_File_Sytem_Reference_Guide.pdf