Honnêtement, c'est fait tout seul :-) (rien installé de plus, rien configuré)

Il me semble que cela fait longtemps que le FS Atari est supporté par Linux (c'est juste une simple variante de la FAT de MS DOS).
J'utilise une KUbuntu 14.04 il me semble.
Quand je met ma carte compact flash dans le lecteur USB, Dolphin m'affiche les partitions, y compris la première.

Après, j'utilise le Driver de Pera Putnik, mais il est "standard".

Tu peux faire un test simple : Pera fournit sur son site une image de test de son driver. (avec plein de ces jeux adapté pour DD installé )
Voici la page, avec le liens en haut :
http://atari.8bitchip.info/DiskImgPP1.html

Essaye de copier l'image sur une carte SD ou une compact flash, et regarde si ta distrib Linux t'affiche les 3 partitions. (sous linux, il faut utiliser la commande dd).

Concernant le partage de données Atari / PC :
Sur mon ST, j'ai installé l'interface IDE fabriqué par Talrek. Dessus, j'ai mis un adaptateur IDE -> double compact flash. (On peut faire pareil avec un Falcon)
En master, j'ai mis une grosse CF, et en slave, tourné vers la sortie du lecteur de disquette, une CF plus petite, que je peux retirer facilement.
Et c'est cette CF que je met sur mon PC, et que je lie/écrit sous mon Linux.

Je suis aussi en train de ré-écrire l'outil de Pera Putnik (drimg) qui permet de lire/écrire les partitions Atari. J'ai corrigé l'ergonomie et quelques bugs :-) .

A+
Tophe