oui, exactement comme ici avec ta séparation en quatre sous dossiers

et cela permet aussi de toucher la conf au besoin pour limiter certaines choses fastcgi_param PHP_VALUE "disable_functions=exec";
ou ajouter des variables globales à php pour simplifier les choses, exemple ici pour inclure facilement le framework : fastcgi_param FST $root/fastIce/fastIce.php;, j'utilise ensuite include $_SERVER['FST'];


voila ma structure exacte (le code du git n'avait pas encore eu cette séparation effective, mais je peux mettre à jour si besoin) :

/plugins # tous les plugins dans ce répertoire
/plugins/myplugin/ # répertoire d'un plugin
/plugins/myplugin/myplugin.php # fichier principal du plugin, contenant sa fonction "maître" fn_myplugin(), non accessible de manière directe depuis l'extérieur ( appelé directement par le moteur de template ou implicitement par le 3eme bloc de la conf nginx )
/plugins/myplugin/http/ # éventuels fichiers statiques dédiés, accessibles depuis l'extérieur via rewriting
/plugins/myplugin/php/ # éventuels scripts php dédiés, accessibles depuis l'extérieur via rewriting

et si besoin de ressources particulières je les mettaient sur la racine du plugin

après le plus important est la remonté et bonne insertion des différentes parties nécessaires au fonctionnement du plugin dans la page, code js d'init, fichiers à inclure ect ..