Je pensais au sens Java du terme (avec int qui est un type natif et Integer qui en est la version objet). Donc ta dernière hypothèse est la bonne.
La doc que tu montres parle en effet de types natifs au sens « types standards intégrés à l'interpréteur », disponibles sans avoir besoin de charger un module. Mais à part cette différence, il n'y a aucune différence avec les autres classes ou objets.