Pour autant que je me souvienne, il me semble l'interruption VBL ne peut être déclenchée qu'en début de ligne, et donc que le bug que tu décris ne peut pas se produire (et ça a aussi une conséquence en mode non entrelacé : si tu te plantes sur la parité de la valeur, tu n'as pas d'interruptions VBL du tout).

Je ne ferais pas confiance à Virtual Jaguar sur ce point, il n'est pas toujours très fidèle au hardware réel quand on creuse les cas particuliers.