Par ailleurs, l'organisation sociale des bonobos en captivité présente une autre particularité. La paix du groupe est également maintenue par l'existence d'un bouc émissaire (ou pharmakos) [citation nécessaire]. Lorsqu'un groupe de chercheurs [citation nécessaire] a retiré un bonobo blessé et frappé par les autres membres du groupe, une accentuation de la violence et une baisse de la sexualité ont pu être remarquées. A contrario, lorsque ce dernier fut ré-intégré au groupe, la paix du groupe fut ré-instaurée.

Des études récentes mettent cependant à mal le mythe d'une société pacifique et harmonieuse, où la sexualité débordante des bonobos serait le remède contre la violence en général, et où le fait que la société soit dirigée par les femelles (une rareté chez les singes) renforcerait encore cette non-violence des bonobos. Si la société des bonobos fonctionne sur un mode matriarcal, cette société n'est pas pour autant exempte de conflits. Les agressions infligent généralement des blessures au niveau des doigts ou des orteils, voire des parties génitales, tout comme chez le chimpanzé commun, ce qui est logique : les doigts parce que l'agressé se protège, les orteils parce que l'agressé fuit ; les parties génitales (surtout les testicules des mâles) sont des points stratégiques : si on peut empêcher son adversaire de se reproduire, on lui fait perdre de l'importance dans la hiérarchie du groupe.
Le primatologue allemand Gottfried Hohmann en particulier a remis en cause ce mythe du pacifisme du bonobo, dû selon lui à une étude de l'animal uniquement en captivité.