Le problème n'est pas d'utiliser des logiciels commerciaux, mais de permettre à des entreprises privées d'utiliser de la bande passante normalement réservée à la recherche comme épine dorsale de leur infrastructure (ce qui est le cas avec le protocole à noeuds de Skype).
Normalement, Renater est un réseau d'enseignement et de recherche, donc ce qui transite doit être en lien avec ça (l'état injecte beaucoup d'argent là-dedans pour ça, et demande un minimum de sérieux).
D'ailleurs, même la surveillance du réseau s'est grandement accrue ces dernières années. Il n'y a pas d'interdiction de protocole au niveau des interconnexions, mais dès qu'une activité suspecte (le p2p en fait partie, et le FTP hors horaires classiques en non-balancé aussi), ça remonte aux administrateurs réseau en général dans la journée, et il peut y avoir des sanctions... rarement directes mais, par exemple, en n'appuyant pas des évolutions d'infrastructure (au motif qu'avant d'élargir les tuyaux, il faut peut-être éviter de les encombrer).