Je connais très peu ces "bestioles", mais je crois savoir que c'est un problème assez répandu avec ces manettes.
Ils en ont parlé sur AtariAge, par exemple ici (c'est pour 2600, mais je suppose que c'est similaire).

patbier (./3) :
y'aurait il une incompatibilité avec les manettes de TAIWAN sur la 7800 ?

C'est peut-être plus une question de qualité de fabrication...