Chez les japs à la base il y a deux origines ethniques : les jomons qui ont colonisé l'archipel au néolithique, et qui sont plutôt apparentés aux peuples d'océanie (si je me souviens bien), et puis les yayoi, venus plus tardivement du continent (donc plus apparentés aux coréens, encore que ce ne soit pas des coréens mais plutôt des nomades d'asie centrale).

Les traits de ces deux populations (yeux bridés, teint, etc) sont sensés être assez différents, et se retrouvent à divers dosage chez chaque jap, cf cette illustration d'une expo sur le sujet :
http://www.kahaku.go.jp/english/exhibitions/ueno/special/jomonvsyayoi/index.html


En même temps je pense qu'il ne faut pas non plus prendre trop trop au sérieux ce genre de théorie ethnique, les japs sont racistes comme des allemands et ils aiment bien ce genre de catégorisation. Le trip jomon/yayoi a d'ailleurs été utilisé à l'époque de la dictature, les premiers étant sensé être des japonais plus purs.

Plus généralement je pense que c'est assez faisable de distinguer japonais/coréens/chinois(han) quand on a quelques trucs ; j'avais un site de blind test sur le sujet (perdu l'url) et c'était possible d'avoir de bons scores.